南京车辆扣分可以到当地的车管所或者交警大队都能处理违章的：

1、可以去车辆所在地交警队，或者车管所窗口处理，也可以去违章发生地的交警队处理；

2、驾驶证和车辆绑定的也可以通过手机处理，现在交管部门推出的“交管12123 APP”就可以自助处理违章；

3、很多自助处理机上也是可以自助处理违章，也是非常的方便，当然前提是要有分数才行。